معمولا هر پلاگین جی کوئری روش خاصی برای فراخوانی داره که در توضیحات و مستنداتش شرح داده شده
ولی به طور کلی فایل های js مربوط به پلاگین جی کوئری رو میتونید در بخش themes/yourtheme/js/autoload بریزید و بعد مثلا در فایل themes/yourtheme/js/global.js اون رو فراخوانی کنید و طبق راهنمای پلاگین ادامه مسیر و تنظیمات رو انجام بدید
منظورتون رو از افزودن پلاگین به ماژول متوجه نشدم